Какую версию Cake вы используете? Посмотрите на некоторую жестко заданную конфигурацию в core.php или в другом месте в app / config, которая явно устанавливает mysite как подкаталог.
После загрузки должно быть какое-то значение конфигурации, заставляющее Cake вести себя так, потому что он не может знать, что он работал локально в этом каталоге. Обычно такие настройки не нужны, Cake хорошо определяет их относительный путь на сервере.
Другая вещь, о которой я могу подумать, это, возможно, кэширование: пустая tmp, вы, возможно, загрузили кэшированную версию ваших представлений / элементов.