Установка R пакетов.Включить каталог пуст.Заголовки разработки

Question

В настоящее время я пытаюсь запустить некоторый код R, который изначально работал под 2.11.0.Версия R, которую я использую 2.14.1, не запускает код.Я не знаком с R и его обратной совместимостью.(Моя проблема может не иметь ничего общего с версиями, насколько я знаю; я буду рад узнать, что это то, что я делаю неправильно.) Остальная часть кода не имеет значения;мои установки терпят неудачу, даже когда я запускаю сам.

#these fail
install.packages("gtools",repos="http://cran.r-project.org")
install.packages("minet", repos="http://cran.r-project.org")
#these work
install.packages("psych", repos="http://cran.r-project.org")
install.packages("qvalue",repos="http://cran.r-project.org")
install.packages("R2HTML",repos="http://cran.r-project.org")

Я пробовал другие способы установки в дополнение к перечисленному выше.Я попытался установить и скомпилировать более ранние версии gtools и minet.Я попытался получить текущие версии пакета из других репозиториев (biocLite).Однако все попытки установки приводят к одинаковым сбоям.Для получения дополнительной информации я не являюсь суперпользователем на машине, на которой я пытаюсь запустить этот код.Я могу попросить человека, который является суперпользователем, о небольших услугах (которые не влияют на других пользователей машины).Я смог установить другие пакеты просто отлично;хотя, как я сказал раньше, если у меня есть простая проблема, я буду рад.Вот некоторые ошибки.

* installing *source* package ‘gtools’ ...
** libs
Warning: R include directory is empty -- perhaps need to install R-devel.rpm or similar
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -c setTCPNoDelay.c -o setTCPNoDelay.o
setTCPNoDelay.c:1:15: error: R.h: No such file or directory
setTCPNoDelay.c:2:24: error: Rinternals.h: No such file or directory
setTCPNoDelay.c: In function ‘checkStatus’:
setTCPNoDelay.c:66: warning: implicit declaration of function ‘strncpy’
setTCPNoDelay.c:66: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ‘strncpy’
setTCPNoDelay.c:72: warning: implicit declaration of function ‘strerror’
setTCPNoDelay.c:72: warning: passing argument 2 of ‘strncpy’ makes pointer from integer without a cast
make: *** [setTCPNoDelay.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘gtools’

Answer 1

Эта ошибка происходит из-за того, что gcc не может найти «Rh» в путях включения по умолчанию (/ usr / local / include) и т.д.1003 *

sudo apt-get install r-base r-base-dev

В пользовательском режиме это можно решить, загрузив и скомпилировав собственную копию кода:

wget "https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.2.2.tar.gz"
tar xvfz R-3.2.2.tar.gz
cd R-3.2.2
./configure --prefix=/SOME_LOCAL_DIR
make; make install

Теперь запустите R, указав путь к каталогу include (где Rh можетбыть найден):

export CPATH=/LOCAL_PATH/R-3.2.2/include/
export C_INCLUDE_PATH=/LOCAL_PATH/R-3.2.2/include/
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/LOCAL_PATH/R-3.2.2/include/
export GCC_INCLUDE_DIR=/LOCAL_PATH/R-3.2.2/include/
./bin/R

Теперь install.packages () должен работать правильно

> install.packages("Rcpp")

Answer 2

Эта ошибка возникла из-за того, что конкретная машина, на которой я вошел, не имела заголовков разработки.Мой системный администратор попросил меня войти на другой компьютер, который это сделал.Что было довольно странным в этом, так это то, что R позволил мне установить некоторые пакеты без заголовков.Если вы периодически получаете эту жалобу при попытке установить пакеты R, это может быть связано с заголовками разработки, как упоминает Джошуа Ульрих в комментариях.