Вы можете использовать событие CreateWindow для обработки нового всплывающего окна:
GeckoWebBrowser wb1 = new GeckoWebBrowser();
wb1.CreateWindow += new EventHandler<GeckoCreateWindowEventArgs>(wb1_CreateWindow);
Здесь событие CreateWindow:
void wb1_CreateWindow(object sender, GeckoCreateWindowEventArgs e)
{
//Keep popup new window here!
e.Cancel = true;
//e.WebBrowser.Navigate(e.Uri);
// OR
//GeckoWebBrowser wb1 = new GeckoWebBrowser();
//wb1.Navigating += new EventHandler<GeckoNavigatingEventArgs>(wb1_Navigating);
//wb1.Dock = DockStyle.Fill;
//wb1.CreateControl();
//TabPage tab1 = new TabPage("New WebBrowser");
//tabBrowser.TabPages.Add(tab1);
//tab1.Controls.Add(wb1);
//wb1.Navigate(e.Uri);
}