для нормализации данных микрочипов

Question

Я хочу нормализовать данные, используя RMA в пакете R. но есть проблема, он не читает .txt файл. Пожалуйста, скажите мне, "что я делаю для нормализации данных из файла .txt?" ответьте пожалуйста

Answer 1

RMA нуждается в структуре ExpressionSet. После прочтения файла (read.table()) и очистки имен столбцов и row.names преобразуйте файл в матрицу и используйте:

a<-ExpressionSet(assayData=matrix)

Если не сработало, импортируйте данные * .txt в программное обеспечение flexarray, которое может их прочитать и выполнить команду rma.

Это может сработать.

Answer 2

Я использую функцию normalizeQuantiles () из пакета Limma R:

library(limma)


mydata <- read.table("RDotPsoriasisLogNatTranformedmanuallyTABExport.tab", sep = "\t", header = TRUE) # read from file


b = as.matrix(cbind(mydata[, 2:5], mydata[, 6:11])) # set the numeric data set

m = normalizeQuantiles(b, ties=TRUE) # normilize

mydata_t <- t(as.matrix(m)) # transpose if you need

Answer 3

В основном все методы нормализации в Bioconductor основаны на классе AffyBatch. Поэтому вы должны прочитать ваш текстовый файл (возможно, матрицу) и создать AffyBatch вручную:

AB <- new("AffyBatch", exprs = exprs, cdfName = cdfname, phenoData = phenoData,...)