У меня ckeditor отлично работает в webforms / IIS7 в интегрированном конвейере.Это .net 3.5, но я уверен, что это не проблема.Вероятно, это проблема с поиском путей.
Возможно, попробуйте такой инструмент, как fiddler или вкладка net firebug, чтобы увидеть, есть ли какие-либо ошибки с ресурсами, загружаемыми в редактор.