Можно ли запустить существующий экземпляр с определенным instanceID, а не с imageID?
Да, если у вас есть резервный экземпляр EBS, который вы ранее остановили, вы можете запустить его снова через API с тем же идентификатором экземпляра, который у него был ранее - см. http://docs.amazonwebservices.com/AWSEC2/latest/APIReference/ApiReference-query-StartInstances.html
Если вы хотите указатьID экземпляра при создании нового экземпляра EC2, я уверен, что это невозможно.