Если я правильно понимаю ваш пост, вы не хотите удалять javascript со страницы, но сохраняйте его и делайте так, чтобы он выполнялся так же, как если бы вы обычно посещали страницу в браузере?
Это довольно сложная проблема, которую должны преодолеть прокси-серверы, а другие делают это с разной степенью успеха. Javascript, встроенный в страницу, должен нормально работать, но у вас возникнут проблемы с запуском любого javascript, который загружается на страницу из внешнего файла.
Одна вещь, которую вы можете попробовать, - это переписать пути к внешним библиотекам javascript, чтобы отразить локальный путь, а затем скопировать копии этих файлов javascript по сети и сохранить все в структуре имитированного каталога. Ваш пробег может варьироваться в зависимости от того, насколько вычурный джаваскрипт, например. некоторые вызовы ajax, вероятно, не сработают, независимо от того, что вы делаете.