Вы можете определить стратегию слияния.
Я нашел это решение, но не помню источник
[merge "railsschema"]
name = newer Rails schema version
driver = "ruby -e '\n\
system %(git), %(merge-file), %(--marker-size=%L), %(%A), %(%O), %(%B)\n\
b = File.read(%(%A))\n\
b.sub!(/^<+ .*\\nActiveRecord::Schema\\.define.:version => (\\d+). do\\n=+\\nActiveRecord::Schema\\.define.:version => (\\d+). do\\n>+ .*/) do\n\
%(ActiveRecord::Schema.define(:version => #{[$1, $2].max}) do)\n\
end\n\
File.open(%(%A), %(w)) {|f| f.write(b)}\n\
exit 1 if b.include?(%(<)*%L)'"
положи это "куда-нибудь" и
git-config --global core.attributesfile "somewhere"