Первое, что я хотел бы сделать, это выполнить запрос через функцию объяснения. Это детализирует обработку запросов, чтобы вы могли видеть, где база данных будет тратить время. Ищите, где он выполняет полное сканирование таблиц, поскольку они обычно являются виновниками и индикаторами того, где вам нужно применять индексы.