У меня была такая же проблема, хотя я не строил из источника.Казалось, что я запустил приложение (в данном случае emacs), и оно, очевидно, будет в документе.Ну, пока в этом состоянии я прокручиваю папку «Приложения» и замечаю, что в папке Emacs есть круг с проходящей через нее линией, странно!Поэтому я закрыл приложение и перезапустил его, после чего иконка показала как должно.Надеюсь, это поможет, я знаю, что это странно, но это помогло мне.