Существуют различные сторонние утилиты, которые позволяют пользователю управлять этим, но программно вам придется использовать что-то вроде GetMonitorInfo / MoveWindow для позиционирования IE после его запуска.
Альтернативой может быть вставка элемента управления IE в диалоговое окно или окно по вашему выбору, над которым вы затем будете иметь полный контроль.