Извлеките изменения из исходного проекта, объедините их в свой проект и отправьте обратно в свое хранилище Github.
Как правило, автоматизировать это не очень хорошая идея.(Изменения вверх по течению могут привести к конфликту слияний или, что еще хуже, к «чистому слиянию», которое разрушает все.)