Microsoft создала ProjectCollection ( BuildEngine на платформах ниже 4) для непосредственного использования MSBuild в коде.
Есть ли эквивалент публикации приложений через clickonce или мы должны вызвать Mage.exe из командной строки?
AFAIK, вы можете использовать msbuild для создания и публикации приложений; Маг используется для создания манифестов, необходимых для ClickOnce. Это не изменится в .NET 4.