Используйте make VAR1="arg1 arg2 arg3"
с этим в make-файле:
ifeq (arg1 arg2,$(findstring arg1,$(VAR1)) $(findstring arg2,$(VAR1)))
# define a switch
endif
ifeq (arg2 arg3,$(findstring arg2,$(VAR1)) $(findstring arg3,$(VAR1)))
# define another switch
endif
Если таких ключей много, вы можете определить макрос для упрощения make-файла.