Пример дерева, на которое вы смотрите, фактически повернут по умолчанию, так что оно осталось слева направо.Вот почему во всех операторах 'translate' координаты x и y меняются с того места, где они обычно находятся.
Чтобы вернуть этот пример в ориентацию сверху вниз, выполните следующие две вещи:
1) Для узлов: поменяйте местами координаты x и y в каждом из операторов перевода:
.attr("transform", function(d) { return "translate(" + source.y0 + "," + source.x0 + ")"; })
должно быть изменено на
.attr("transform", function(d) { return "translate(" + source.x0 + "," + source.y0 + ")"; })
и то же самое для всех остальных "translate"s.
2) Для ссылок: уберите метод .projection из
var diagonal = d3.svg.diagonal()
.projection(function(d) { return [d.y, d.x]; });
, чтобы он просто сказал
var diagonal = d3.svg.diagonal();