Используйте svn или git вместо ftp.
Чтобы настроить svn, перейдите в репозиторий svn (например, сборка или github) и прочитайте инструкции. Затем вы можете загрузить свой код, запустив svn или git-репозиторий. каждый раз, когда вы обновляете свой код, вы можете просто написать (для svn):
svn commit /path/where/you/code
После этого вы должны сделать первый заказ:
svn checkout http:/repositoryurl /path/to/the/code
Таким образом, вы можете получить работу cron за одну строку, т.е. для свн:
svn update /path/to/the/code
Если скрипты не ваши, стоит проверить наличие доступного svn или git-репозитория, так как большинство проектов используют что-то подобное.