chmod 000 запрещает чтение, запись и выполнение для себя, своей группы и всех остальных.
Как файлы загружаются на сервер? Ваша FTP-программа может испортить файлы при их загрузке.
Если у вас есть root-доступ, вы можете удалить, используя $ rm -rf filename
Редактировать
Настройки Umask на вашем сервере неверны. Установка Umask на 777 сделает разрешения 000.
Если у вас есть доступ к оболочке, вы можете проверить 777 значений Umask, выполнив: grep 'umask 777' /etc/skel/.bashrc
Если вы найдете что-нибудь, измените Umask на 022. Если у вас нет доступа к оболочке, ваш хост сможет исправить это за вас.
Вместо использования загрузчика cpanel используйте программу FTP, такую как Transmit для Mac или Core FTP Pro для Windows, и всегда используйте SFTP, зашифрованный вместо FTP.