Я предполагаю, что запущен менеджер сеансов, который восстанавливает ранее сохраненный сеанс, включающий Eclipse. Увы, я ничего не знаю о Fedora, но, возможно, это новое ключевое слово поможет вам в поиске.
Где-то должен быть пункт меню, который позволяет вам просматривать / редактировать настройки сеанса.