Я думаю, что документация может быть немного не синхронизирована с текущим кодом. На данный момент, насколько я могу судить, правильная команда командной строки:
flatiron create <app-name>
Это создает приложение cli skeleton, и для веб-приложения вам нужно будет внести некоторые изменения в файл app.js в соответствии с файлом http-sample.js, который находится по адресу:
https://github.com/flatiron/flatiron/tree/master/examples
Вам также необходимо добавить объединение в зависимости вашего пакета.