Был дополнительный, где a.user_id = 39. Вы используете только ключевое слово WHERE в начале предложения (a.question_id = q.id AND a.user_id = 39)
SELECT
'Q' AS TYPE , q.question AS value, q.date
FROM questions q
WHERE q.user_id =39
UNION ALL
SELECT 'A' AS TYPE , q.question AS value, a.date
FROM answers a,questions q
WHERE a.question_id = q.id
AND
a.user_id =39
ORDER BY `date` DESC