Итак, синтаксис JavaDoc никогда не завоевывал популярность у разработчиков JavaScript. Есть те, кто использует что-то подобное, в частности, Google, но это противоречит JS, который не имеет статической типизации и допускает любое количество аргументов для любой функции.
Если вы хотите создать красивую документацию с CoffeeScript, стандартом будет Docco (отличной примером является его домашняя страница). Если вы хотите создавать комментарии в стиле JavaDoc для каждой функции ... ну, вам придется создавать их вручную и экранировать их с помощью обратных галочек.
Кроме того, вы можете работать в CoffeeScript до тех пор, пока ваш код не будет готов к выпуску, а затем задокументировать полученный JavaScript.