Как вы сказали, autotools просто запускает valac -C, а затем запускает gcc. На самом деле это хорошо, поскольку все так же, как и в случае с C. Любая документация по автоинструментам (включая расстроенный список рассылки и сообщения о переполнении стека), которые вы можете найти, применима, так что довольно просто найти ответ на любой вопрос, просто найдя проблему.
В вашем файле configure.ac вам нужно что-то вроде:
PKG_CHECK_MODULES(GLIB, glib-2.0 gobject-2.0)
AC_SUBST(GLIB_LIBS)
AC_SUBST(GLIB_CFLAGS)
Тогда в вашем Makefile.am что-то вроде:
scraps_LDFLAGS = $(GLIB_LIBS)
scraps_CFLAGS = $(GLIB_CFLAGS)
Вы можете использовать http://gitorious.org/sqlheavy в качестве примера. В examples/
и utils/
есть исполняемые файлы, а в sqlheavy/
есть библиотека, так что она довольно полная.