Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.Desktop);
Это даст путь к рабочему столу. И вы можете сравнить его с вашим путем exe-файла
String exePath = Application.StartupPath;
public Boolean IsRunningFromDesktop(String exePath){
String desktopPath = Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.Desktop);
return (exePath.Contains(desktopPath);
}