Самый простой способ - удалить и воссоздать структуру базы данных с помощью следующих команд оболочки:
mysqldump -d dbname > structure.sql
mysqladmin drop dbname
mysqladmin create dbname
mysql dbname < structure.sql
При необходимости введите учетные данные mysql, например, -u root -psecret -h localhost
.