Вы пробовали собственный плагин Eclipse Hibernate с именем Инструменты Hibernate для Eclipse и Ant ?
http://www.hibernate.org/255.html
Даже если у вас нет опыта работы с Eclipse и его надстройками, установить и использовать их надстройку довольно просто:
Просто скачайте его, разархивируйте в каталог eclipse и запустите IDE.
Далее вам нужно открыть перспективу Hibernate.