newBox.Attributes.Add("yourAttributeName", "yourAttributeValue");
РЕДАКТИРОВАТЬ: Извините, я забыл, флажки действуют немного иначе, поэтому вам нужно сделать:
newBox.InputAttributes.Add("yourAttributeName", "yourAttributeValue");
Если вы хотите получить доступ к span
вокруг флажка, оригинал будет работать, или вы можете сделать:
newBox.LabelAttributes.Add("yourAttributeName", "yourAttributeValue");