После гугла и проверки работы других MVC я решил пойти по этому пути. Я перенаправляю все свои запросы с помощью .htaccess в index.php. Затем я определяю базовые пути. После всех определений я включаю файл core.php, который, в свою очередь, включает все файлы ядра в мою инфраструктуру mvc. Затем в том же файле я создаю экземпляры реестра и маршрутизатора, и игра начинается здесь!
Внутренние органы сейчас немного сложны, но на этом я и закончил!