Вы не можете указать это в IIS. Для веб-сайтов более ранних, чем Framework 4.0 и выше 2.0, необходимо указать версию IIS в IIS.
Однако в файле web.config есть настройки, ограничивающие запуск или компиляцию веб-сайта в рамках платформы версии 3.5. Visual Studio по умолчанию делает эти настройки в web.config
Конечно, вот некоторые части web.config
![Compiler version settings](https://i.stack.imgur.com/mEQo4.png)
![Some Assemblies](https://i.stack.imgur.com/YvuYg.png)