Как уже упоминалось в комментариях, я почти уверен, что EF Designer не читает провайдеров из файла конфигурации - чтобы иметь провайдера, доступного в EF Designer, вы должны «установить» его, и даже этого недостаточно (например, SQL CE 4 доступно для EF, но недоступно при выборе поставщика в конструкторе EF). Не каждый поставщик доступен для дизайнера EF, и не каждый поставщик доступен для EF (например, поставщики ODBC или OleDB не включены для EF).