В современной BDB есть средства для добавления дополнительных каталогов, используя DB_CONFIG (рекомендуется) или вызовы API.
Проверьте, помогают ли эти директивы (и соответствующие вызовы API):
add_data_dir
set_create_dir
set_data_dir
set_lg_dir
set_tmp_dir
Обратите внимание, что добавление этих директив вряд ли прозрачно "Просто работает", но не должно быть слишком сложно использовать db_dump / db_load для воссоздания файлов базы данных, настроенных с помощью этих директив.