В этом особом случае я бы предпочел последнюю версию, а также привязал к ней, потому что версия 3.0 была как бы поспешной только потому, что Vista должна была поставляться. С другой стороны, это означает, что 3.0 предварительно установлен на Vista, что упрощает ваше развертывание. А установка 3.0 на машине с 3.5SP1 просто пропустит установку, так что при доставке 3.0 не повредит.
Я бы все еще развернул 3.5SP1 из-за исправления ошибок и улучшения производительности, а также потому, что 3.5SP1 полностью обратно совместим с 3.0.