Убедитесь, что командный файл является исполняемым, тогда вы можете просто выполнить его:
exec('myscript.bat');
Вам не нужно делать это через cmd. Если вы хотите по какой-либо причине, вам нужно будет указать дополнительные параметры, как в командной строке:
exec('cmd /C myscript.bat');
http://ss64.com/nt/cmd.html
покажет вам, как предоставить другие опции для cmd (и объяснит выше).
Веселитесь, дайте мне знать, если у вас возникнут проблемы.