rmdir нужен каталог для удаления, поэтому это будет работать, но вы получите сообщение об ошибке:
cd C:\directory1
rmdir . /s /q
pause
xcopy C:\directory2\directory22 C:\directory1 /s /e
Но вы также можете сделать это:
cd C:\
rmdir C:\directory1 /s /q
md C:\directory1
pause
xcopy C:\directory2\directory22 C:\directory1 /s /e