1) Моя версия Subclipse предоставляет расширение для подменю Eclipse «Импорт» в Навигаторе - это то, как вы проверяете проекты, - но не меню «Экспорт», поэтому я не уверен в вашем вопросе здесь. Подкоманда «export» в самой Subversion предоставляет вам копию вашего исходного кода без каких-либо невидимых каталогов «.svn».
2) Нет, с Subclipse вы должны проверить весь проект.