Я сделаю все возможное, чтобы уточнить некоторые моменты для вас.
Если вы не используете дочернюю тему, magneto будет использовать / base /, однако, если у вас активна дочерняя тема, magneto будет использовать файлы пользовательских тем.
Например, если в вашем новом файле темы есть файл header.phtml, но нет файла footer.phtml, Magento автоматически вернется к базе. поэтому редактировать базовые файлы никогда не бывает разумно