А как насчет этого? Вы должны установить имена столбцов после того, как закончите полностью проработанную матрицу.
> a <- matrix(1:9, 3)
> a
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 2 5 8
[3,] 3 6 9
> colnames(a) <- paste("col", 1:3, sep = "")
> a
col1 col2 col3
[1,] 1 4 7
[2,] 2 5 8
[3,] 3 6 9