Причина была в том, что в build.properties находился относительный source.dir.Что-то вроде:
source.dir=src;./../../../other.package/src;./../../and.other/src
Компилируется хорошо, но мешает запуску тестов.Когда я устанавливаю абсолютные пути:
source.dir=${workspace}/my.package/src;${workspace}/other.package/src;${workspace}/and.other/src
тесты выполняются.