Кажется, вы пытались сделать то, что уже делает foreach ...Проблема в том, что вы на самом деле выводите букву $ index для не-массива, потому что foreach уже делает то, что вы ожидаете от $ index = $ index + 1:
require_once 'includes/global.inc.php';
print_r($site->bookmarkTags(1));
$index = 0;
foreach ($site->bookmarkTags(1) as $tag) {
echo $tag; // REMOVE [$index] from $tag, because $tag isn't an array
$index = $index + 1; // You can remove this line, because it serves no purpose
}