Прежде всего, несколько улучшений в вашем коде:
# initialize your vars
array = []
lines.each do |l|
array << l.split ',' # use the << operator
end
Теперь в рубине символ доллара для массивов не требуется, он обозначает глобальные переменные, и их использование нецелесообразно.
Вы должны получить доступ к вашей переменной следующим образом: array[1][3]
.
Вы можете сделать свой код однострочным в ruby1.9:
array = lines.each_line.map {|l| l.split ',' }