Во многих проектах тонкие детали внешнего вида, форматирования и визуальной кросс-браузерной совместимости сайта выполняет другой человек, а не тот, кто пишет код JavaScript. Таким образом, беспорядок в том, что CSS, который контролирует внешний вид сайта, переплетается с javascript сайта в одном и том же файле. У вас есть не-JS программисты, пытающиеся изменить javascript, чтобы изменить внешний вид сайта. Это не очень хорошая вещь.
Однако, если вы добавляете / удаляете классы через javascript, то весь фактический CSS, соответствующий этим классам, остается в файлах CSS, где с ним можно свободно работать без изменения файлов javascript. Это хорошая вещь.
Очевидно, что javascript и CSS не являются на 100% независимыми, поскольку им часто приходится выполнять согласованные действия, но если они хранятся отдельно, это позволяет отделить как минимум 90% обслуживания вместо 0%.