Да, они могут. Вы можете получить снижение производительности при запуске обеих ОС одновременно (что вы можете сделать с помощью виртуальной машины), но если вы не попытаетесь заставить их совместно использовать ресурсы (например, порты и файлы конфигурации), они даже не узнают другой существует.