В MouseListener, где вы показываете всплывающее окно, просто получите номера строк и столбцов с помощью методов JTable:
table.addMouseListener(new MouseAdapter() {
@Override
public void mousePressed(MouseEvent e) {
Point p = e.getPoint();
int row = table.rowAtPoint(p);
int col = table.columnAtPoint(p);
System.out.printf("row, col: [%d, %d]%n", row, col);
// show pop-up menu here
}
});