Бета-версия Silverlight 3 теперь доступна. Позволяет написать собственный кодек.
Что нового в silverlight 3 doc:
Расширенная поддержка форматов мультимедиа: с новым конвейером Raw AV Silverlight может легко поддерживать широкий спектр сторонних кодеков. Аудио и видео могут быть декодированы вне среды выполнения и отрисованы в Silverlight, расширяя поддержку форматов за пределы собственных кодеков.
Я думаю, что проблема с встроенной поддержкой Silverlight flash - это проблемы с авторскими правами между Adobe и Microsoft, насколько я знаю.
Вероятно, кто-то напишет кодек, который вы можете просто вставить в свое приложение.