Чтение и запись в двоичном режиме, 'rb' и 'wb':
f = open(zipname , 'rb')
content = f.read()
f.close()
alt = open('x.zip', 'wb')
alt.write(content )
alt.close()
Причина, по которой текстовый режим не работает в Windows, заключается в том, что перевод новой строки из '\ r \ n'to' \ r 'искалечил двоичные данные в zip-файле.