Вы можете явно указать домен куки при создании куки ..
Вот как это можно сделать в php
bool setcookie ( string $name [, string $value [, int $expire = 0 [, string $path [, string $domain [, bool $secure = false [, bool $httponly = false ]]]]]] )
Google для других языков сценариев ..
Это то, что вы искали ??