Полагаю, вы следовали:
Help => About Eclipse => Installation Detail => Installed Software Tab => и затем выберите продукт для удаления - исключение составляет Acceleo => Uninstall....
И это привело к журналу ошибок, который вы цитируете.
Так что я бы подумал о «ручном» удалении.
Я скачал сайт обновлений acceleo v3 и изучил плагины и папки функций, и все артефакты названы org.eclipse.acceleo.stuff. Это подтверждается просмотром файла content.xml (content.jar)
Итак, я бы сделал резервную копию своей папки eclipse, удалил все плагины и функции акселератора, посмотрел в папке .metadata моей рабочей области соответствующие заметки (имя акселератора снова в качестве фильтра) и перезапустился с помощью eclipse -clean.
Это должно начаться снова. В противном случае, перейдите к восстановлению!
Что касается пакета Google Collection. Похоже, что была другая промежуточная установка (боюсь, лучшая интерпретация, которую я мог придумать ;-), потому что я не вижу банку коллекций Google на сайте обновлений Acceleo.
Обновление
В свете проведенного расследования (см. Комментарии ниже), я бы посоветовал новую установку, начиная с более новой стабильной версии 3.6sr1 (вариант Java EE) и постепенно переустанавливая существующие плагины (как указано в Help => About Eclipse => Installation Detail => Installed Software) по одному с соответствующих сайтов обновлений (экспорт из предпочтений из старой установки, повторный импорт в новую). Точка установки make new на «старом» рабочем пространстве. Затем посмотрите на журнал (или войдите в систему .metadata), чтобы узнать, все ли плагины были переустановлены правильно).