Вы можете инкапсулировать LINQ в слой доступа к данным. Но для большинства небольших и средних проектов этого вполне достаточно.
Вы всегда должны иметь в виду цели высокого уровня. Вы используете объектную ориентацию и шаблоны проектирования, чтобы снизить стоимость внедрения и обслуживания. Нет необходимости в перепроектировании, когда самый простой и быстрый дизайн удовлетворяет большинству потребностей и достаточно ремонтопригоден.