Просто перезагрузите процесс couchdb (couchdb -k; couchdb -b), и вы увидите все недостающие данные, когда снова откроете Futon.
Обратите внимание, что причина этого исправления не в том, что вы сбрасываете базу данных, а в том, что вы сбрасываете Futon (если есть команда просто сбросить Futon, пожалуйста, дайте мне знать, и я протестирую). Скорее всего, ваш PHP-скрипт создает экземпляр, похожий на клиент Futon, и они не будут признавать изменения друг друга (я обнаружил, что это как минимум для создания баз данных и добавления документов).
Обратите внимание, что эта проблема возникла только у меня, когда я разместил свое приложение на веб-сервере. В этом случае вызовы из Futon, похоже, поступают с публичного адреса, тогда как вызовы из моего приложения поступают из 127.0.0.1 (в /etc/couchdb/local.ini у меня bind_address = 0.0.0.0). Когда я развивался локально, у меня никогда не было этой проблемы.