По умолчанию шаблон MVC3 настраивает управление состоянием сеанса через SQL Express (это можно проверить, просмотрев web.config). Это прекрасно работает локально, но не в Windows Azure, поскольку SQL Express там не будет работать. Просто измените соединение с базой данных, чтобы оно указывало на SQL Azure (или отключите состояние сеанса), и, надеюсь, вы снова будете работать и работать снова.
Нейт Тоттен написал немного больше по этой теме, здесь .