InstantDjango использует sqlite по умолчанию. Какую базу данных вы установили для своего обычного django? и вы создали эту базу данных до запуска syncdb?
InstantDjango использует различную упаковку для всех необходимых библиотек django (переносимых версий), которые могут быть менее стабильными, но они должны работать для ваших нужд разработки.